강화 길상면(吉祥面) 출신이다. 무신정권의 집권자 최우(崔瑀)는 당시 나라 안에 도둑이 들끓자 건장한 사내들을 모아 매일 밤 순찰을 도는 야별초(夜別抄)를 조직했다.
그러나 도둑이 계속 늘자 순찰 업무를 더욱 강화하고 야별초를 확대해 좌우(左右) 별초로 나누었다. 이어 몽골에 잡혀갔다.
탈출해 온 원한에 사무친 무리들로 조직된 신의군(神義軍)까지 가세해 삼별초로 발전해 갔다.
몽고에 굴복하고 타협하는 의미가 담긴 개경 환도를 못마땅하게 여긴 이들 삼별초 군사들은 원종의 출육(出陸- 당시 개경으로 돌아감) 환도에 반기를 들고, 원종의 육촌인 ‘승화후’ 온(溫)을 새 왕으로 추대하고 반란의 기치를 치켜들었다.
배중손은 김통정과 함께 그 거사를 주도한 우두머리 장군으로서 강화에 진을 친 삼별초군과 자신을 따르는 백성들을 이끌고 천여 척의 배로 진도에 본거지를 옮겨갔다.
그러나 뒤쫓아 온 여몽연합군과의 치열한 전투에서 배중손 군대는 용감히 싸운 끝에 끝내 무너지고 이 전투에서 배중손 장군 역시 전사했다.
나머지 군사들은 김통정 장군의 주도하에 제주도로 향했으나 역시 평정되고 만다. 고려 반역열전에 오른 인물이다.