1946년 8월 2일 신설

- 1883년 6월 인천해관(仁川海關)으로 관세징수 시작 

   (* 초대 총괄 책임자 묄렌도르프)

- 1907년 세관으로 개칭

- 1946년 4월 27일 재무부로 이관 5개 세관 신설 합의(군정법령 제 76호)

- 1946년 8월 2일 인천세관 신설

- 1969년 부평과 오산출장소

- 1976년 주안출장소 설치 

- 1980년 인천본부세관으로 부평세관과 주안출장소를 통합 관할

- 1988년 수원세관 편입

- 1990년 반월출장소를 안산세관으로 승격 편입

-  2000년 1월 부평세관을 인천세관 소속 부평출장소로 개편

-  2001년 김포세관을 인천공항세관으로 개편

- 2003년 인천공항세관 소속으로 김포출장소를 설치 

- 2006년 김포·부평출장소를 김포·부평세관으로 승격

- 2007년에는 인천공항국제우편세관 설치

-  2015년 인천본부세관 소속으로 경인항지소를 설치

-  2016년에는 김포세관을 김포공항세관으로 개편, 인천공항세관과 경인항지소 폐지, 부평세관을 안산세관 소속 부평세관비지니스센터로 개편

- 2018년 기준 7국, 1담당관, 36과, 29관, 1실, 2센터, 4개 산하세관으로 조직

- 관세징수 및 통관, 감시와 조사행정의 공정성 확보, 수요자 중심의 관세행정 실현, 밀수·마약 및 불법 외국환 거래 단속 등이 주 업무

- 관내의 외국무역선 체선방지 및 화물의 원활한 유통 지원, 총기류·마약 등 사회 안전을 해치는 물품과 밀수품의 국내 반입 방지 등 입출항 수속과 해상밀수 단속에 주력